Nacida en Zaragoza, obtuvo el Primer Premio en el Concurso Permanente de Juventudes Musicales 1996 en las especialidades de Clave y Órgano, premio al que suceden diversos reconocimientos, como el Premio Especial del Jurado a la mejor interpretación históricamente informada y Mención de Honor en el Concurso Internacional «Primavera de Praga» 1999 o la Mención de Honor en el Concurso Internacional de Clave de Brujas (Bélgica) 2001. Miembro de la Orquesta Barroca de la Unión Europea 2001, con la que ha actuado en Francia, Alemania, Inglaterra, Holanda, Bélgica, Italia, España, Hungría y China, bajo la dirección de Roy Goodman, Andrew Manze, Alfredo Bernardini y Edward Higginbottom.
Silvia Márquez se formó en su ciudad natal con el maestro José Luis González Uriol y más tarde, becada por el Ministerio de Asuntos Exteriores y el Gobierno Holandés, en el Sweelinck Conservatorium de Amsterdam y el Real Conservatorio de La Haya, donde estudió Clave (Jacques Ogg y Menno van Delft), Órgano (Jacques van Oortmerssen) y Fortepiano (Stanley Hoogland). En su formación organística tuvieron especial relevancia las enseñanzas de Montserrat Torrent y, en un ámbito más amplio, los consejos de Gustav Leonhardt, Jesper Christensen, Jan Willen Jansen, Guy Bovet, Jon Laukvik, Christine Whiffen, Andrea Marcon, Patrick Cohen y Lars Ulrik Mortensen.
Ha realizado cursos de postgrado en el C.S.I.C. (sección de Musicología) en Barcelona y en la Universidad de Alcalá de Henares, al tiempo que cursaba estudios de Historia del Arte y Musicología en diversas universidades (Zaragoza, Granada, Universidad Autónoma de Madrid). Es Máster en Gestión Cultural con Premio Extraordinario por la Universitat Oberta de Catalunya (Barcelona).
Con más de veinte años de experiencia pedagógica, Silvia Márquez ha impartido clases magistrales en lugares como el Conservatorio Nacional de La Paz (Bolivia) o la Estonian Academy of Music and Theater (Tallin, Estonia) y ha sido invitada regularmente a impartir cursos en diferentes instituciones (Conservatorio Superior de Música de Salamanca, cursos de verano de la Fundación Princesa de Asturias en Oviedo, Escola Superior de Música de Catalunya, Real Conservatorio Superior de Música de Madrid, Academia de Música Antigua de Gijón, etc.).
En 1999 obtiene por oposición la plaza de Clave en el Conservatorio Profesional de Música de Murcia. Desde septiembre de 2007 hasta septiembre de 2016 ocupa la Cátedra de Clave en el Conservatorio Superior de Música de Aragón (Zaragoza), donde también dirige el Conjunto Barroco. En la actualidad es catedrática de Clave del Real Conservatorio Superior de Música de Madrid.
Ha ofrecido recitales en España, Francia, Alemania, Irlanda, Suiza, Holanda, Italia, Croacia, Andorra, Austria, Eslovaquia, Portugal, Bolivia, Panamá, etc., y en los últimos años ha sido invitada a formar parte de diversos jurados. Mantiene una intensa actividad como solista o colaboradora de grupos y orquestas nacionales e internacionales (Orquestas Sinfónicas de Galicia, Bilbao, Principado de Asturias, Región de Murcia, Malta, etc.), bajo la dirección de figuras como Fabio Biondi, Giuliano Carmignola y Paul Goodwin, entre otros. Como solista ha actuado con la Orquesta de Cámara Española, Orquesta Sinfónica de la Región de Murcia, Solistas de la Orquesta Barroca de Sevilla y Grupo Enigma-Orquesta de Cámara del Auditorio de Zaragoza.
Es colaboradora habitual del grupo Forma Antiqva.
Sus conciertos han sido emitidos por RNE2, RTVE, BBC, RTL y la Radio Checa, y entre sus grabaciones se encuentra música de A. Vivaldi (Warner 2004), D. Scarlatti y G. F. Haendel (MAA 2007), C. P. E. Bach (Arsis 2009) y L. Boccherini (junto al clavecinista Alfonso Sebastián).
Su primera publicación en solitario, «Chaconnerie» (IBS 2018), constituye un apasionante y poco habitual recorrido por las chaconas para clave desde el siglo XVI hasta nuestros días, e incluye el Montuno de Roberto Sierra, nominado a los Latin Grammy Awards 2018. «Herbania» (IBS 2019), con tres primeras grabaciones mundiales, supone el primer CD en el mercado dedicado íntegramente a la música española para clave del siglo XX.
En la actualidad es artista del sello IBS Classical, directora del grupo La Tempestad, fundado en el año 2000, con el que ha actuado en los más importantes festivales de música antigua y ha grabado varios trabajos discográficos.
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